工作中要求水、電、蒸汽、壓縮空氣的供應必須完全可靠。食品所經過的系統必須保證無菌，食品灌裝進入包裝容器時所經過的空間環境要保證無菌。
此外，無菌包裝一般都要用大型設備，尤其是食品滅菌機和無菌包裝機，設備投資大，成本較高；操作和管理的衛生要求嚴格，難度大，一旦污染將會成批報廢，造成浪費，損失很大，而且從頭到尾的各個環節必須重新滅菌；設備和產品的專一性強，不適宜生產小批量多品種的產品，泛用性差；無菌包裝難以應用在高粘度食品以及固體食品上，一般只用于流動性較好的食品。
無菌包裝要求從食品經滅菌到無菌充填到包裝密封的整個工藝過程中防止外部微生物的侵入污染，食品流經的各個連接部位要保證可靠的密封，防止食品受到來自系統外部的微生物污染，在無菌包裝過程中要充分注意微生物的二次污染，盡量縮短殺過菌的食品和包裝容器與空氣直接接觸的時間。在食品包裝前，首先應對包裝機械及操作環境進行無菌處理。
包裝機械可用熱堿水洗滌，經稀鹽酸中和，熱水沖洗，再用高溫蒸汽滅菌。操作環境可采用化學滅菌和物理滅菌并用的方法進行無菌處理，一般無菌室安裝有空氣過濾裝置和紫外線滅菌裝置，用以保持無菌室經常性的無菌狀態。可定期地進行紫外線照射以殺滅游離于空氣中的微生物。保證無菌室的潔凈度、溫度和濕度都應符合規定的標準（溫度一般控制在18攝氏度左右，濕度一般為55%左右）。
操作環境除菌是防止細菌和其它污物進入操作環境。除菌主要采用過濾和除塵方法實現，一般無菌操作空間的空氣需經消毒、二級過濾和加熱消毒產生無菌過壓空氣，其過壓狀態保證避免環境有菌空氣滲入無菌工作區。包裝機械的滅菌常用環氧乙烷處理，由于環氧乙烷氣體對乙烯基塑料有滲透作用，而包裝機中許多與食品接觸的部件往往是由乙烯基塑料制成，因此，當用環氧乙烷滅菌時，應采取升溫和減壓的方法加速其揮發逸出。
在輸送過程中，要保持接管處、閥門、熱交換器、均質機、泵等的密封性和系統內部保持正壓狀態，以保證外部空氣不進入。同時要求輸送線路盡可能簡單，以利于清洗。無菌包裝系統設備滅菌處理一般采用CIP原位清洗系統實施，可根據產品類型可按滅菌要求設定清洗程序。要在無菌操作環境中設立檢測裝置以監控環境中微生物數量，保證包裝產品的無菌。
保證包裝封口無菌：包裝封口對無菌包裝來說是最后的環節，也是關鍵的一個環節，直接影響產品的包裝品質和儲存期。其要求是一方面是能防止微生物和氣體或水蒸氣侵入，另一方面是不能讓產品自身的氣味和原液溢出。多數無菌包裝封口采用熱封、超聲波封、膠封或氣封，有些用折疊、咬合封口。
封口時應注意壓力要均勻分布于密封表面；封口過程的條件如封口溫度、時間、壓力必須有安全界限，并能控制；封口表面應避免產品或其他污物污染；封口位置必須準確，特別是熱成型／灌裝／封口同機進行情況下更應防止封口位置發生偏差。
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